Sekretariat Direktorat Jenderal pada unit kerja Direktorat Jenderal Pengembangan Daerah Tertentu pada dasarnya bertugas untuk penyediaan pelayanan administratif kepada semua unsur satuan organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Pengembangan Daerah Tertentu. Tentunya satuan organisasi yang dimaksud adalah unit kerja setara eselon II lainnya, yaitu, Direktorat Penanganan Daerah Rawan Pangan, Direktorat Pengembangan Daerah Perbatasan, Direktorat Penanganan Daerah Rawan Bencana, Direktorat Pengembangan Daerah Pulau Kecil dan Terluar, serta Direktorat Penanganan Daerah Pasca Konflik.

Sedangkan jika dilihat dari segi fungsi, sesuai dengan peraturan yang ada, fungsi dari Sekretariat Direktorat Jenderal adalah melaksanakan : 

1. Koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran, serta evaluasi dan pelaporan di bidang pengembangan daerah tertentu
2. Pengelolaan data dan informasi
3. Pelaksanaan urusan keuangan dan barang milik Negara Direktorat Jenderal;
4. Pelaksanaan urusan kepegawaian dan umum;
5. Penyiapan penyusunan rancangan peraturan perundangundangan dan advokasi hukum; dan
6. Penataan organisasi dan tata laksana.

Sesuai dengan Permen Kemendesa No.6 Tahun 2015