SSekretariat Direktorat Jenderal mempunyai tugas melaksanakan pemberian pelayanan administratif kepada semua unsur satuan organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Pengembangan Daerah Tertentu.

Sekretariat Direktorat Jenderal menyelenggarakan fungsi:

1. Koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran, serta evaluasi dan pelaporan di bidang pengembangan daerah tertentu;
2. Pengelolaan data dan informasi
3. Pelaksanaan urusan keuangan dan barang milik Negara Direktorat Jenderal;
4. Pelaksanaan urusan kepegawaian dan umum;
5. Penyiapan penyusunan rancangan peraturan perundangundangan dan advokasi hukum; dan
6. Penataan organisasi dan tata laksana.

Sekretariat Direktorat Jenderal terdiri atas:

1. Bagian Perencanaan;
2. Bagian Keuangan dan Barang Milik Negara;
3. Bagian Kepegawaian dan Umum; dan
4. Bagian Hukum, Organisasi, dan Tata Laksana.

Sesuai dengan Permen Kemendesa No.6 Tahun 2015